- English
- Русский
Анализ метилирования ДНК в пораженной и непораженной коже у взрослых пациентов с атопическим дерматитом
DOI: https://doi.org/10.29296/24999490-2021-01-08
Введение. Атопический дерматит (АтД) – это хроническое воспалительное заболевание, вызванное сложным взаимодействием как генетических, так и иммунных факторов, а так же факторов окружающей среды. В последнее время изучение эпигенетических изменений вносит новое понимание в этиологию АтД. Цель исследования. Изучение уровня метилирования ДНК в биопсиях пораженной и непораженной кожи пациентов с АтД. Методы. Выделение ДНК проводили набором QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, США). Бисульфитную конверсию выделенной ДНК проводили с использованием набора для метилирования ДНК EZ DNA Methylation Kit (Zymo Research, США). Уровни метилирования ДНК изучали путем гибридизации конвертированной ДНК с чипами BeadChip Infinium Human Methylation 450 (Illumina, США). Чипы сканировали при помощи HiScanSQ System (Illumina, США). Полученные изображения анализировали с помощью программнного обеспечения GenomeStudio® (версия 2011.1; модель метилирования версия 1.9.0, Illumina Inc.). Результаты. Были выявлены дифференциальные изменения в уровнях метилирования 26 генов из которых 9 были метилированы в промотерной области. Гиперметилированными были 11 генов, гипометилированными – 15 генов. Изменения уровня метилирования ДНК наблюдались для генов, белковые продукты которых участвуют в ряде биологических процессов, связанных с АтД: позитивная регуляция миграции фибробластов, распространение дендритных клеток и активация общего иммунитета. В области TSS200 в ткани пораженной АтД гипометилированым был только 1 ген – ALPK2, а гиперметилированы были два гена – CLNK и ARHGEF4. В области TSS1500 гипометилированными оказались 4 гена: MIR1178, VPS37C, GRIP2 и SLC47A2. Гены TCF12 и ZBTB20 были гиперметилированы. Заключение. Полученные результаты указывают на участие эпигенетической регуляции в развитии атопического процесса. Однако необходим дальнейший анализ дополнительных образцов кожи от новых пациентов для проверки и дальнейшего уточнения полученных результатов.
Ключевые слова:
атопический дерматит
Для цитирования:
Смолкина О.Ю., Быстрицкая Е.П., Свитич О.А., Пирузян А. Л., Денисова Е.В., Корсунская И.М., Соболев В.В. Анализ метилирования ДНК в пораженной и непораженной коже у взрослых пациентов с атопическим дерматитом. Молекулярная медицина, 2021; (1): -https://doi.org/10.29296/24999490-2021-01-08
Список литературы:
- Deckers I.A.G., McLean S., Linssen S., Mommers M., van Schayck C.P., Sheikh A. PLoS ONE. 2012; 7 (7): e39803. https://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0039803. (Accessed July 27, 2020)
- Fonacier L.S., Dreskin S.C., Leung D.Y.M. J. of Allergy and Clinical Immunology. 2010; 125 (2): 138–149. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0091674909008653. (Accessed July 27, 2020)
- Spergel J.M. Annals of Allergy, Asthma & Immunology. 2010; 105 (2): 99–106. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1081120609000490. (Accessed July 27, 2020)
- Czarnowicki T., Krueger J.G., Guttman-Yassky E. The J. of Allergy and Clinical Immunology: In Practice. 2014; 2 (4): 371–9. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S221321981400097X. (Accessed July 27, 2020)
- Cole C., Kroboth K., Schurch N.J., Sandilands A., Sherstnev A., O’Regan G.M., Watson R.M., Irwin McLean W.H., Barton G.J., Irvine A.D., et al. J. of Allergy and Clinical Immunology. 2014; 134 (1): 82–91. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S009167491400596X. (Accessed July 27, 2020)
- Seltmann J., Roesner L.M., von Hesler F.-W., Wittmann M., Werfel T. J. of Allergy and Clinical Immunology. 2015; 135 (6): 1659–61. e4.https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0091674915003358. (Accessed July 27, 2020)
- Apfelbacher C.J., Diepgen T.L., Schmitt J. Allergy. 2011; 66 (2): 206–13. http://doi.wiley.com/10.1111/j.1398-9995.2010.02464.x. (Accessed July 28, 2020)
- Thomsen S.F., Ulrik C.S., Kyvik K.O., Hjelmborg J. v. B., Skadhauge L.R., Steffensen I., Backer V. Аllergy asthma proc. 2007; 28 (5): 535–9. http://www.ingentaconnect.com/content/10.2500/aap2007.28.3041. (Accessed July 28, 2020)
- Van Beijsterveldt C.E.M., Boomsma D.I. European Respiratory J. 2007; 29 (3): 516–21. http://erj.ersjournals.com/cgi/doi/10.1183/09031936.00065706. (Accessed July 28, 2020)
- Strachan D.P., Wong H.J., Spector T.D. J. of Allergy and Clinical Immunology. 2001; 108 (6): 901–7. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0091674901933597. (Accessed July 28, 2020)
- Schultz Larsen F., Holm N.V., Henningsen K. J. of the American Academy of Dermatology. 1986; 15 (3): 487–94. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0190962286701989. (Accessed July 28, 2020)
- The EArly Genetics and Lifecourse Epidemiology (EAGLE) Eczema Consortium. Nat Genet. 2015; 47 (12): 1449–56. http://www.nature.com/articles/ng.3424. (Accessed July 28, 2020)
- Schaarschmidt H., Ellinghaus D., Rodriguez E., Kretschmer A., Baurecht H., Lipinski S., Meyer-Hoffert U., Harder J., Lieb W., Novak N. et al. J. of Allergy and Clinical Immunology. 2015; 136 (3): 802–6. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0091674915003346. (Accessed July 28, 2020)
- Tamari M., Hirota T. J. Dermatol. 2014; 41 (3): 213–20. http://doi.wiley.com/10.1111/1346-8138.12321. (Accessed July 28, 2020)
- Barnes K.C. J. of Allergy and Clinical Immunology. 2010; 125 (1): 16–29. e11.https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0091674909017229. (Accessed July 28, 2020)
- Luo Y., Zhou B., Zhao M., Tang J., Lu Q. Clin Exp Dermatol. 2014; 39 (1): 48–53. http://doi.wiley.com/10.1111/ced.12206. (Accessed July 28, 2020)
- Tan H.-T.T., Ellis J.A., Koplin J.J., Martino D., Dang T.D., Suaini N., Saffery R., Allen K.J., the HealthNuts Study Investigators. Pediatr Allergy Immunol. 2014. P. n/a-n/a.http://doi.wiley.com/10.1111/pai.12245. (Accessed July 28, 2020)
- Liang Y., Wang P., Zhao M., Liang G., Yin H., Zhang G., Wen H., Lu Q. Allergy. 2012; 67 (3): 424–30. http://doi.wiley.com/10.1111/j.1398-9995.2011.02760.x. (Accessed July 28, 2020)
- Rodriguez E., Baurecht H., Wahn A.F., Kretschmer A., Hotze M., Zeilinger S., Klopp N., Illig T., Schramm K., Prokisch H. et al. J. of Investigative Dermatology. 2014; 134 (7): 1873–83. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022202X15368998. (Accessed July 28, 2020)
- Cao M.Y., Davidson D., Yu J., Latour S., Veillette A. J. Exp. Med. 1999; 190 (10): 1527–34.
- Taniuchi K., Furihata M., Naganuma S., Saibara T. Int. J. Oncol. 2018; 53 (5): 2224–40.
- Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., Otsuki T., Sugiyama T., Irie R., Wakamatsu A., Hayashi K., Sato H., Nagai K. et al. Nat. Genet. 2004; 36 (1): 40–5.
- Goos J.A.C., Fenwick A.L., Swagemakers S.M.A., McGowan S.J., Knight S.J.L., Twigg S.R.F., Hoogeboom A.J.M., van Dooren M.F., Magielsen F.J., Wall S.A. et al. Hum. Mutat. 2016; 37 (8): 732–6.
- Zhang Y., Zhou X., Zhang M., Cheng L., Zhang Y., Wang X. Artif Cells Nanomed Biotechnol. 2019; 47 (1): 3862–72.
- Wang L.Q., Deng A.C., Zhao L., Li Q., Wang M., Zhang Y. J. Biol. Regul. Homeost. Agents. 2019; 33 (2): 321–30.
- Eastman S.W., Martin-Serrano J., Chung W., Zang T., Bieniasz P.D. J. Biol. Chem. 2005; 280 (1): 628–36.
- Lin S.H., Arai A.C., Wang Z., Nothacker H.P., Civelli O. Mol. Pharmacol. 2001; 60 (5): 916–23.
- Gao Z., Chen M., Tian X., Chen L., Chen L., Zheng X., Wang H., Chen J., Zhao A., Yao Q. et al. RNA Biology. 2019; 16 (7): 940–9. https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/15476286.2019.1602436. (Accessed July 29, 2020)