СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ГЕНОМА КЛИНИЧЕСКИ ЗНАЧИМОГО ШТАММА HELICOBACTER PYLORI HP42K, ИЗОЛИРОВАННОГО ОТ ПАЦИЕНТКИ УЧРЕЖДЕНИЯ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ

DOI: https://doi.org/10.29296/24999490-2020-02-07

Е.В. Воропаев(1), кандидат медицинских наук, доцент, О.Ю. Баранов(1), доктор биологических наук, доцент, Л.Н. Валентович(2), кандидат биологических наук, О.В. Осипкина(1), А.А. Зятьков(1), Н.А. Бонда(3), А.В. Воропаева(1), кандидат биологических наук, доцент, Э.Н. Платошкин(1), кандидат медицинских наук, доцент, В.М. Мицура(1), доктор медицинских наук, доцент, А.С. Шафорост(1) 1-Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет», Республика Беларусь, 246000, Гомель, ул. Ланге, д. 5; 2-Институт микробиологии НАН Беларуси, Республика Беларусь, 220141, Минск, ул. Академика Купревича, д. 2; 3-Государственное учреждение «Гомельский областной центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья», Республика Беларусь, 246050, Гомель, ул. Моисеенко, д. 49 E-mail: [email protected]

Введение. Использование геномных подходов позволяет подробно изучить патогенетический потенциал бактерии Helicobacter pylori. Цель. Исследовать структурно-функциональную организацию генома H. pylori, изолированного в Республике Беларусь. Методы. С использованием высокопроизводительного секвенирования на базе геномного анализатора Ion PGM System про- веден геномный анализ клинически значимого изолята Н. pylori. Результаты. Изучение структурной и функциональной организации генома изолята H. pylori HP42K может выявить па- тогенетические и антигенные детерминанты, позволяющие прогнозировать его клинические свойства. Установлено наличие локусов, не связанных с канцерогенезом: 5 ДНК-мотивов AATAAGATA и EPIYA-ABC мотив в структуре cagA гена, а также выявление oipA гена, и аллелей s1 и m1a гена vacА. Идентифицированы 3 кольцевые последовательности, представленные хро- мосомной и плазмидными ДНК Н.pylori, которые депонированы в GenBank NCBI с идентификационными номерами CP034314.1, CP034313.1 и CP034312.1. Заключение. Анализ генома изолята H. pylori HP42K показал, что его патогенетические особенности ассоциированы с раз- витием гастродуоденальной патологии и не связаны с канцерогенными эффектами.
Для цитирования: 
Voropaev E.V., Baranov O.Yu., Valentovich L.N., Osip- kina O.V., Zyatkov A.A., Bonda N.A., Voropaeva A.V., Platoshkin E.N., Mizura V.M., Shaforost A.S. СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ГЕНОМА КЛИНИЧЕСКИ ЗНАЧИМОГО ШТАММА HELICOBACTER PYLORI HP42K, ИЗОЛИРОВАННОГО ОТ ПАЦИЕНТКИ УЧРЕЖДЕНИЯ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ. Молекулярная медицина, 2020; (2): -https://doi.org/10.29296/24999490-2020-02-07
Список литературы: 
  1. Marshall B.J., Warren J.R. Unidentified curved bacilli in the stomach of patients with gastritis and peptic ulceration. Lancet. 1984; 1 (8390): 1311–5.
  2. Calvet X., Ramirez Lázaro M-J., Lehours P., Mégraud F. Diagnosis and epidemiology of Helicobacter pylori infection. Helicobacter. 2013; 18 (Suppl 1): 5–11.
  3. Franco A.T., Johnston E., Krishna U., Yamao- ka Y., Israel D.A., Nagy T.A., Wroblewski L.E., Piazuelo M.B., Correa P., Peek R.M. Regula- tion of gastric carcinogenesis by Helico- bacter pylori virulence factors. Cancer Res. 2008; 68 (2): 379–87.
  4. Moss S.F. The Clinical Evidence Linking Heli- cobacter pylori to Gastric Cancer. Cell Mol. Gastroenterol Hepatol. 2016; 3 (2): 183–91.
  5. Baltrus D.A., Blaser M.J., Guillemin K. Helico- bacter pylori Genome Plasticity. Genome Dyn. 2009; 6: 75–90.
  6. Chang C-C, Kuo W-S, Chen Y-C, Perng C-L, Lin H-J, Ou Y-H. Fragmentation of CagA Re- duces Hummingbird Phenotype Induction by Helicobactor pylori. PLoS One. 2016; 11 (3): e0150061.
  7. Batista S.A., Rocha G.A., Rocha A.M., Saraiva I.E., Cabral M.M., Oliveira R.C., Queiroz D.M. Higher number of Helicobac- ter pylori CagA EPIYA C phosphorylation sites increases the risk of gastric cancer, but not duodenal ulcer. BMC Microbiol. 2011; 11: 61.
  8. Amieva M., Peek R.M. Pathobiology of Helicobacter pylori-Induced Gastric Cancer. Gastroenterology. 2016; 150 (1): 64–78.
  9. Morales-Espinosa R., González-Valencia G., Delgado G., Méndez J.L., Torres J., Cravioto
  10. A. Frequency and characterization of vapD gene in Helicobacter pylori strains of different vacA and cag-PAI genotype. Bioquimia. 2008; 33 (2): 43–50.
  11. Loh J.T., Shaffer C.L., Piazuelo M.B., Bravo L.E., McClain M.S., Correa P., Cover T.L. Analysis of cagA in Helicobacter pylori strains from Colombian populations with contrasting gastric cancer risk reveals a biomarker for disease severity. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2011; 20 (10): 2237–49.
  12. Mardis E.R. The impact of next-generation sequencing technology on genetics. Trends Genet. 2008; 24 (3): 133–41.
  13. Tatusova T., DiCuccio M., Badretdin A., Chet- vernin V., Nawrocki E.P., Zaslavsky L., Lomsadze A., Pruitt K.D., Borodovsky M., Ostell J. NCBI prokaryotic genome annotation pipeline. Nucleic Acids Res. 2016; 44 (14): 6614–24.
  14. Воропаева А.В., Воропаев Е.В., Баранов О.Ю., Жаворонок С.В., Пиманов С.И., Макаренко Е.В., Падутов В.Е. Алгоритм определения генотипов и аллельных вариантов Helicobacter pylori с исполь- зованием полимеразной цепной реак- ции. Гомель: Учреждение образования
  15. «Гомельский государственный медицин- ский университет», 2009; 31.
  16. [Voropaeva A.V., Voropaev E.V., Baranov O.Ju., Zhavoronok S.V., Pimanov S.I., Makarenko E.V., Padutov V.E. Algorithm for determining genotypes and allelic variants of Helicobacter pylori using a polymer chain reaction. Gomel’: Uchrezhdenie obrazovanija «Gomel’skij gosudarstvennyj medicinskij universitet», 2009; 31 (in Russian)]